Μανώλης Κώτης ξεκίνησε την καριέρα του ως ποδοσφαιριστής, σε ηλικία 15 ετών στον Απόλλωνα Καλυφίων Ρόδου.
Αμέσως διέκριναν το ταλέντο του με αποτέλεσμα να βρεθεί στην ομάδα της Ρόδου στη Β’ Εθνική.
Έπαιξε στη Ρόδο στη θέση του σέντερ φορ και αναδείχηκε πρώτος σκόρερ για επτά χρόνια, που έπαιζε με τη φανέλα της Ρόδου.
Τον διεκδίκησαν πολλές ομάδες στην Α’ Εθνική.
Μαζί με αξιόμαχους συμπαίκτες κατάφεραν να ανεβάσουν την ιστορική ομάδα της Δωδεκανήσου στην Α’ Εθνική.
Κατόρθωσε να αναδειχτεί δεύτερος σκόρερ της Α’ Εθνικής πίσω από το Θωμά Μαύρο.
Το επιστέγασμα της προσπάθειας ήταν να βρεθεί συμπαίκτης του Θωμά Μαύρου, αφού τον πήρε με μεταγραφή ο μεγάλος Πρόεδρος της ΑΕΚ Λουκάς Μπάρλος.Δικαιολόγησε τη μεταγραφή του αφού είχε συμμετοχή, σε πολλούς αγώνες και πέτυχε και πολλά γκολ. Αξέχαστη στιγμή ήταν το 1983 όταν στο τελευταίο λεπτό ενώ έχανε από τον Ηρακλή η ΑΕΚ με 3-0 πέτυχε γκολ στο 90’ και χαρακτηρίστηκε το χρυσό γκολ αφού προκρήθηκε του Ηρακλή χάρη στο γκολ αυτό στον επαναληπτικό αγώνα που νίκησε η ΑΕΚ 2-0 στη Ν. Φιλαδέλφεια και προκρήθηκε στον τελικό.
Στον τελικό σήκωσε το κύπελλο νικώντας τον ΠΑΟΚ 2-0 στο κατάμεστο ΟΑΚΑ.
Έκλεισε την καριέρα του στο Αιγάλεω και μετέπειτα στον Ατρόμητο Περιστερίου.
Τέλος πρέπει να σημειωθεί, ότι ο Μανώλης Κώτης χαρακτηρίζεται ως ο μεγαλύτερος ποδοσφαιριστής στην ιστορία του Δωδεκανησιακού Ποδοσφαίρου.